问题

为什么我在 python 的 spearman 相关中得到 nan


我正在使用 scipy 来计算相关性。我计算斯皮尔曼相关性的代码如下。

from scipy import stats
sequence_1 = [1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0]
sequence_2 = [0, 0.009783728115345005, 0, 0, 0.0019759230121848587, 0.0007535430349118562, 0.0002661781514710257, 0, 0, 0.0007835762419683435]
myspearman = stats.spearmanr(sequence_1,sequence_2)
print(myspearman)

我从代码中得到以下结果。

SpearmanrResult(correlation=nan, pvalue=nan)

尽管在这个话题中有一些问题,但它们并没有回答我的问题。

我的问题如下。

  • 我想以某种方式获得相关性的值。从这个意义上说,nan 的等效值是什么?
  • 我的另一个问题是;有没有办法避免这种情况并在 python 中获取实际值?

如果需要,我很乐意提供更多细节。

推荐答案

为什么 spearmanr 输出 NaN

sequence_1 没有变化,因此它的标准差等于 0,这将导致 spearmanr() 函数中的零除,从而返回 NaN

在这种情况下,NaN 的等效值是多少?

从数学上来说,当两个列表中的一个的标准偏差等于零时,Spearman 相关系数是未定义的(其中随机变量的所有实例取完全相同的值)。我建议您研究一下这里的公式,以便更好地理解为什么这不简单!

有没有办法避免这种情况并在 Python 中获得实际值?

由于实际值是未定义的,因此您确实可以使用 NaN 获得正确的值。但是,您可能希望依赖其他公式来解决此类问题,例如两个变量之间的协方差 - 在这种情况下,协方差将等于零。